Маршрутная сеть авиакомпании Qazaq Air будет состоять из 12 направлений, большую часть которых составят беспосадочные полеты между регионами Казахстана. Планируется, что на первом этапе своей деятельности авиакомпания будет обслуживать следующие маршруты:

- Алматы-Костанай с периодичностью до 3 рейсов в неделю,
- Алматы-Шымкент - до 8 рейсов в неделю,
- Алматы-Павлодар - до 3 рейсов в неделю,
- Алматы-Астана - до 7 рейсов в неделю,
- Шымкент-Павлодар - до 2 рейсов в неделю,
- Шымкент-Кызылорда - до 3 рейсов в неделю,
- Шымкент-Актобе - до 3 рейсов в неделю,
- Актобе-Костанай - до 3 рейсов в неделю,
- Актобе-Атырау - до 3 рейсов в неделю,
- Алматы-Талдыкорган - до 3 рейсов в неделю,
- Алматы-Балхаш - до 3 рейсов в неделю,
- Астана-Балхаш - до 3 рейсов в неделю.

Среднее расстояние полетов будет составлять около 800 километров. В течение года с момента запуска первого рейса средний налет на самолет планируется довести до 7,3 часа в сутки, что предполагает выполнение четырех рейсов в день. Пассажиропоток прогнозируется на уровне около 250 тысяч человек в первый год работы авиакомпании.