В конце февраля 2015 года австрийские СМИ сообщили, что Алиев обнаружен мертвым в тюрьме столицы Австрии. Первой и основной версией происшедшего было самоубийство. При этом местные СМИ сообщали, что погибший не относился к категории заключенных, склонных к самоубийству. А незадолго до гибели, как сообщалось, его шантажировали, вымогали у него деньги и угрожали убить, причем так, чтобы смерть выглядела как самоубийство. По этой причине Алиев был переведен в одиночную камеру.

Власти Австрии неоднократно заявляли о том, что не имеют свидетельств, предполагавших другую версию случившегося.

Адвокаты вдовы Алиева Эльнары Шоразовой пытались оспорить версию о самоубийстве. По их убеждению, место происшествия недостаточно охранялось, важные улики могли исчезнуть, а время смерти установить так и не удалось. Помимо этого, они подвергали сомнению возможность в одиночку совершить самоубийство тем способом, которым это якобы сделал Алиев, сообщает Guardian.

Согласно заключению судьи, отсутствие информации о точном времени смерти не так важно, поскольку достаточных доказательств для заключения о насильственном характере смерти, найдено не было.

В 2008 году Рахат Алиев был заочно приговорен на родине в общей сложности к 40 годам лишения свободы за подготовку к захвату власти и организацию преступной группы, занимавшейся похищениями людей. Суд Вены в июне 2011 года отказался экстрадировать Алиева в Казахстан.