Айжан Есмагамбетова родилась в 1972 году в Алматинской области. Окончила Алматинский государственный медицинский университет, Казахстанский Медицинский университет (Высшая школа общественного здравоохранения), Алматы менеджмент университет.

Трудовую деятельность начала в 1990 году фельдшером-лаборантом поликлиники №7 в Алматы. В 1997-2004 годах работала врачом-эпидемиологом, врачом-бактериологом, заведующей лабораторией отдела особо опасных инфекций Республиканской санитарно-эпидемиологической станции.

В 2004-2014 гг. занимала различные должности в структуре Комитета государственного санитарно-эпидемиологического надзора Минздрава Казахстана. В 2013 году была назначена председателем Комитета госсанэпиднадзора Минздрава. В 2014 году — директор департамента эпидемиологического надзора – заместитель главного государственного санитарного врача Агентства по защите прав потребителей РК.

С 2014 по 2017 гг. работала руководителем управления эпидемиологического надзора Комитета по защите прав потребителей МНЭ РК. В 2017 году стала директором департамента стратегического развития и общественного здравоохранения МЗ РК.

С 2017 по 2020 гг. была директором департамента политики общественного здравоохранения РК. В 2020 году стала заместителем председателя Комитета контроля качества и безопасности товаров и услуг МЗ РК. С октября 2020 года и по настоящее время работала председателем Комитета санитарно-эпидемиологического контроля МЗ РК.